来，最后干脆下诏令郡县征发遣送。用传车把华佗押解交付许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪，在狱中被拷问致死。另一种说法是：《三国演义中曹操让曾经为周泰疗伤的名医华佗来给他治疗多年的头痛，但华佗认为曹操的病需要劈开头颅，喝下麻沸散麻醉，动大手术。多疑的曹操认为华佗是想趁机杀害他，便以行刺的罪名将华佗关押拷打致死。但无论如何，曹操杀害他这个老乡的事实确实是存在的。

华佗医德高尚，十分同情穷苦百姓，他不愿做官，宁愿到处奔波，为人民解脱疾苦。《后汉书记载荀彧曾评价华佗时说：“佗方术实工，人命所悬，宜加全宥。”

罗贯中先生有诗叹华佗曰：

“华佗仙术比长桑，神识如窥垣一方。惆怅人亡书亦绝，后人无复见青囊!”