再进攻思恩的陈邦傅。然而，朱亨嘉却认为陈邦傅是地头蛇，不能给他招兵买马的时间。遂决意不等严遵诰，立即进攻陈邦傅。

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满清在两湖、江浙兵力不足的弱点，鲁监国朱以海也看了出来。现在南明三个政权中，隆武帝实力最强，靖监国实力次之，鲁监国实力最弱。所以鲁监国朱以海决定进攻杭州，再沿长江进攻南京，祭拜孝陵，立下不世之功，好与二王争雄。

隆武元年、崇祯帝十八年、弘光元年八月，鲁监国部下总兵方国安、王之仁渡过钱塘江，收复富阳、于潜，逼近杭州，与满清副将张杰、王定国部激战。鲁军大败，总兵方国安的儿子方士衍战死。

十一月，鲁监国封方国安为越国公、王之仁为兴国公，令方国安节制诸军，再攻杭州。

十二月十九日鲁监国亲至钱塘江督战。

十二月二十四日，鲁军二万余人从朱桥、范村、三和塔三路攻杭州，清军三路迎击。明军大败，被俘守备以上将领五十九人。

杭州战役之后，鲁监国政权壮志顿消，只敢据钱塘江天险消极防守。