设在天山南麓的高昌，下设十五个正规营，总计四万五千人。

将碎叶州、伊犁州设为一个总督辖区，任命谨国公、怀化将军李进才为碎伊总督，总督府设在阿利施城，下设三个正规营，总计九千人。

将拔汗那州、纳伦州设为一个总督辖区，任命成国公、云麾将军侯琪为拔纳总督，总督府设在安集延城，下设两个正规营，总计六千人。

将识匿州、昭武州设为一个总督辖区，任命毅国公、镇军大将军马璘为昭识总督，总督府设在安息城，下设十五个正规营，总计四万五千人。

将咸海州、海北州设为一个总督辖区，任命睿国公、辅国大将军白孝德为两海总督，总督府设在阿特劳城，下设十个正规营，总计三万人。

将基马克州、多逻斯州设为一个总督辖区，任命谨国公、冠军大将军南弓熏为基多总督，总督府设在大漠城，下设六个正规营，总计一万八千人。

将康城、吉扎克地区从昭武州划出来，单设直隶州，任命义子、博格达营都尉、端国公、怀化大将军孙孝恪为直隶总督，下设博格达、博格拉、阿斯兰、墨尔根四个大营，总数两万二千人。

这四个营头统称近卫军，由孙孝恪统一指挥。

任命原里海东岸港口克孜勒守将、信国公、冠军大将军元丰为海南总督，兼任王国水师提督，海南府驻守十个正规营，三个水师营，管辖海南府，克孜勒，同时管辖阿特劳的两个水师营。

从75年开始，碎叶军经营好水师已经八年了，这八年里，通过购买陀拔思单、阿塞拜疆的木材，碎叶军已经置办起五个水师营头，每个营头有大船一艘，中型帆船四艘，小型快船四艘，有水兵加辅助人员在千人左右。

五个水师营，就是五千人，在此时欧亚之间的水师规模仅次于东罗马帝国、大食帝国。

原本元丰是带着三个水师营驻扎在克孜勒的，拿下陀拔思单后，自然迁到了海南府，两个水师营设在新瀛州的托尔卡曼港，一个水师营设在新莫州的萨珊港。

而阿特劳的两个水师营是由开国候、归德将军、原黑水靺鞨思慕部首领李思慕统领。

正式设立三院六部。

设立理藩院，署理向大秦国臣服，但并未纳入郡县管辖的游牧部族，任命礼国公、怀化大将军羽缺为总理。

设立督察院，署理原大唐御史台之事，任命忠国公、怀化将军李继勋为御史大夫。

设立政务院，署理六部：

任命敬国公、金紫光禄大夫封常清为左仆射，兼任刑部尚书

任命开国候、银青光禄大夫贾耽为右仆射，兼任吏部尚书

任命开国候、归德将军南霁云为兵部尚书

任命开国候、正议大夫姜公辅为礼部尚书

任命诚国公、怀化大将军席元礼为工部尚书

任命开国候、太中大夫居内什为户部尚书，兼管商务。

任命廉国公、怀化大将军宇文邕奴为大理寺卿，兼任京兆尹、内务府总管。

任命开国候、云麾将军苏希杰为按察使，管辖仁勇都。

其它诸如苏哈、高庭晖、史泰染缅、纳伦晓风、耿思都等，惧封开国候，挂云麾将军衔。

后来加入的喻文景等也得到了开国伯的爵位。

自己的家眷也有了正式称呼，南弓晓月自然是王后，余烛公主、静乐公主皆为贵妃。

三人较大子女也获得了封号：

长子孙钊渟获封咸阳郡王

次子孙钊渐获封平阳郡王

三子孙钊永获封泾阳君王。

咸阳、平阳、泾阳在历史上都曾做过战国七雄之一的秦国都城。

长女孙昭容获封芷阳郡主

次女孙昭仪获封美阳郡主

三女孙昭若获封云阳郡主。