成为股份有限公司。其次，在东印度，公司的司法权、货币铸造权、保护贸易活动的军事权、非法贸易船只的检举权也得到承认。其他的英国人团体所进行的海上违法贸易活动，对于试图以垄断来确保收益的东印度公司而言，是一个很大的威胁。在取得特许状之后，该公司终于可以名正言顺地亲自取缔这些组织了。

伦敦的总公司办公大楼经过数次搬迁之后，最终选择了位于利德霍尔（Leadenhall）街的克拉文大楼（CravenHouse），这一建筑物后来被称为“东印度大楼”。此外，公司在泰晤士河下游的黑墙（BlackWall）设有造船厂、货物仓库、退役水手医院等。

每年4月，公司召开股东大会，投票选举24位董事（其中总裁1名、副总裁1名）组成董事会，以负责公司的日常管理工作。每持有500英镑股票的股东有一票的投票权，每增加500英镑则相应地增加一票投票权。与荷兰东印度公司的不同之处在于，英国东印度公司的股东可以按出资比例间接地参与公司的经营和管理。

董事会至少每周召开一次，围绕船只派遣计划、装货计划、运回商品的销售计划、发给亚洲各地商馆的命令和人事等问题进行商议。董事会下设总会计、监察、书记、律师、审计等各种高级职位，董事在各自分管的委员会中开展相关工作。

另外，17世纪前半期的亚洲，公司位于爪哇岛的万丹和印度西北部的苏拉特的商馆占据着最重要的位置。但无论是哪一个商馆，都是设置于当地统治势力之下，在防御能力方面存在若干问题。另外，公司的活动也一定程度受到当地统治者的制约。之后，马德拉斯、孟买以及17世纪末的加尔各答的重要性开始增强。在这些地方，除了商馆，英国人还设立要塞并派兵驻守，其行动几乎不受当地统治者的制约。到17世纪末，英国人在这三个城市分别派总督进驻，令其分别管辖属地内的商馆。比如，波斯的商馆属于孟买辖区，亚齐的商馆属于马德拉斯辖区。

由总督负责召开的委员会，不仅负责贸易业务，还负责东印度公司有关船只和士兵的军事行动与作战指挥、辖区内与臣民相关的领事业务和审判，还有和当地统治者之间的外交谈判等。上述三地的总督辖区也和巴达维亚一样，相对于伦敦的总公司拥有一定程度的自主权和独立性，但并不像巴达维亚那样实行集权统治。