朝若即若离。直到康熙三十年，因外蒙古内斗，引来沙俄和西蒙古准格尔部趁乱入侵，康熙召集内外蒙古，于元朝三京之一的上都多伦举办会盟，平息了外蒙古内斗，后又出兵击退沙俄，平叛西蒙古准格尔部，才让外蒙古彻底臣服，也对其采用了盟旗制度，分为八十二旗，将外蒙古正式纳入清朝。喀尔喀蒙古被清朝视为抵抗沙俄的北面长城。

西蒙古四部（准格尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特）大致包括今天的新疆、青海、西藏一带，一直在清朝和沙俄之间反复横跳，自立汗国。不管是康熙亲征平定的准格尔部噶尔丹叛乱，还是后来雍正派年羹尧去平定的和硕特部罗布藏丹津叛乱，都是属于西蒙古的叛乱。西蒙古直到乾隆时期平定大小和卓之乱后，才彻底纳入清朝。