袁崇焕斩杀毛文龙这震撼一时的历史事件产生了广泛的影响。

首先，拔除了威胁明朝东北边疆安全的隐患，沉重打击了东江的离心势力，使明廷权力得以控制东江。

其次，以铁血的手段遏制了东江恶性膨胀的将权，此后虽然出现了相互攻杀的情形，但是“将权益卑”，继任者的威势完全无法与毛文龙相比，东江也就没再出现敢于与明廷对抗的跋扈武将。

再次，改变了自天启元年以来正面战场和敌后战场各自为战的局面，统一了两大战场的指挥权，为两路出兵的复辽计划提供了可能性。

最后，斩杀了有种种不法的乱帅，严肃了东江军纪，革除了毛文龙时代的种种虐政，这既遵行了军法，也维护了朝廷的纲纪，使作恶者得到应有的惩罚。

而实现以上的积极影响，只是付出了斩杀一帅的代价。

斩帅之后，东江镇中的毛文龙亲信虽然汹汹欲乱，但是在袁崇焕的宣慰之下，波涛不惊，整编了东江军队，清理了东江粮饷，东江大权也顺利地转移到袁崇焕支持的刘兴祚兄弟手中。

在斩杀毛文龙的过程中，袁崇焕虽然有一些不尽如人意的地方，但是他以督师之重，深入扈帅军中而处之泰然，事先做齐一切准备，并随机应变，授计杀帅，掌握其生死于掌中，斩帅之后又安抚其手下的骄兵悍将，轻松地易置其亲信将领，做到控制权的顺利过渡，个中的手段和胆略着实令人叹服，可以说是袁崇焕辽事生涯的一大杰作。

即使是袁崇焕被定案惨杀的崇祯三年秋，赵维寰仍然说：

“夫毛帅之当斩，非独在犄角无功也。

昔天启朝，曾假逆芳谩书，直达御览，书中自称毛大将军，而以弃明投暗语指斥先帝，尔时无上之罪固已不胜诛矣。

迨登海扬帆，震惊内地，而帅之本谋尽见，此而不诛，是无国法也。

诛之，势不能系之阙下，不得不谋之海外，谋之海外，呼吸安危，间不容发，而必责以请命，是又无兵机也。

崇焕伎俩，自宁锦再捷后，此役尤为见奇，嗡张卷舒，种种合法，弄逆帅于股掌之上，而一军贴息，莫之敢哗，将略真有大过人者”。（赵维寰《雪庐焚余稿》续草卷1《议斩帅》）

正因如此，毛文龙被杀后，当时“通国快然”，“天下称快”，“众咸快心”，“众口附和，视为奇举、“议者皆以为功”，几乎异口同声地为斩帅叫好，盛赞袁崇焕有古英雄豪杰之风。

同时代杰出的军事家孙承宗、茅元仪也对袁崇焕的斩帅给予高度评价。

孙承宗于袁崇焕被杀之后曾作诗“东江千古英雄手，泪洒黄龙半不平”，就是说斩帅一事是英雄手笔，袁崇焕蒙此罪而死是有所不平的。

茅元仪听闻斩帅之事，作诗云“东来消息渐闻真，可为吞胡志欲申。木叶城边明律令，梨花枪底失精神。九年兴废如痴梦，一日权豪失贡臣。只怪无双称国士，如何借绯饵他人”，即认为袁崇焕斩杀毛文龙是规复辽东、严肃军纪的国士之举，但是对袁崇焕借用宋献为东江饷司以迷惑毛文龙有所微词。

茅元仪更视斩帅一事为崇祯圣政，所作《述圣》诗十首其三云“一杆黎花作镇东，不名久己踵桓公。宋家不解君王意，不待新塘始奏功”。

下注云“江东帅毛文龙擅兵海外，先朝诏旨久矣不名，畏上威灵，为督师所戮，不敢动”

当时人之所以会有这样的反应，正是因为毛文龙已经成为封疆大蠹，所谓“识者无不谓其疆场之蠹”，以种种不法挑战朝廷纲纪，引起公愤，所谓“朝野人人痛恨”，“毛文龙功罪本末，举朝共知”。

有些不明毛文龙不法罪状的人，受惑于毛文龙的牵制之名，对袁崇焕的杀帅是有质疑的。

如王思任在致茅元仪的信中称：

“顷见袁督师赚杀毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？毛帅在诸岛中，不知海外情形，不审牵制果否得力。但以私臆度之，帅即无功，亦似无罪。

贪悍二字，乃将官本等。况招商屯种，亦是着数利之所在，精神血气往焉。何以忌为働之？”（王思任《简茅止生》）

这个说法代表着当时人对斩帅的一种异论。

而有的人出于同乡之情更因此欲上疏弹劾袁崇焕。

如崇祯二年正月曾经上疏为毛文龙诉苦的工部主事徐尔一于该年九月，“奏袁崇焕前后奏对，多相谬戾，且数其矫沼斩文龙，罪大不道，设十问诘之，留中”。

《甬上耆旧诗》卷27《知事庄天目先生学曾》云“时经略尚书袁崇焕袭杀岛帅毛文龙，先生上疏劾之，所司匿其疏不为上”

又《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事。朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载，召修实录”

这种异议的存在是必然的，因为袁崇焕的斩帅确实存在不小的