对于这三个汉奸袁方认为没有必要再审，直接把他们和耿仲明关在一起定罪，毛文龙没有反对。

最后，袁方以私通建虏之罪给这四人凌迟处死，将黄云发斩首示众，人头挂在皮岛城墙上一个月。

行刑的当天，毛文龙邀请了李永贞、袁方和那位兵部主事来现场监斩。

对四个汉奸的行刑是在一个空旷的草地上进行的，袁方让毛文龙的将领全部来刑场观看，这是对那些将领的警醒，让他们看看与建虏来往会有什么下场。

在刑场的空地上立了四根柱子，孔有德、耿仲明、李九成和李应元被绑在柱子上，孔有德和耿仲明年轻气盛，不停地喊冤，李九成和李应元父子就老实多了，一句话不吭。

由于孔有德和耿仲明又是挣扎又是喊叫，刽子手把他俩的四肢斩了下来，他们才安静了。

袁方看到这两人的手脚被斩断之后，伤口不停地流血，他让人立即给这两个人进行止血，防止他们流血过多而死亡。

柱子是两两相对种下的，孔有德和耿仲明在一边，李九成和李应元在一边，他们之间是面对面可以看得到的，他们四人的周围都是围观的人群，这里面有将领、兵卒，还有百姓。

四人的中间生了一堆火，这火是为了烤肉而生的，负责行刑的刽子手有两个，此时，两个刽子手正在一刀一刀地刮下刚斩下来的四肢上的肉，一片片的肉在火中烤的嗞嗞作响，围观的人群翘首以盼。