即皇帝位，次年改元弘治。

此时的他年仅十九岁周岁，却因为幼时在后宫被宫女秘密养大，身体自小便有点虚弱，弘治皇帝即位后，首先裁抑宦官及佞幸之臣，太监梁芳和外戚万喜及其党羽都被治罪，整理内阁罢免万安、尹直等人，以刘吉、刘健、徐溥、李东阳为内阁大学士，选用贤良能士，罢免贪官污吏，将成化皇帝遗留下的烂摊子，刚刚治理的有些起色。

没想到弘治二年五月，黄河决口与开封黄沙岗苏村野场等处，后来又决口与帚头五处冲入沁河，所经郡县俱受水灾，开封更为严重，弘治皇帝急命征发人口修筑决口，在九月又命令南京左侍郎白昂为户部左侍郎，前往开封主持修治黄河河道。

锦衣卫指挥使牟斌密奏，据禀报陕西布政使司治下，有奇人会画人图像，他欲乘王鏊主持陕西乡试，带精锐人手去陕西一行，将逆贼万成尽快逮捕归案，弘治皇帝本来不想大动干戈，但牟斌上奏说万成不死，其党羽必然死灰复燃，到时候又会制造极大的叛乱，会伤及更多人的性命；弘治皇帝才勉强答允下来，前不久锦衣卫上报已经抓到万成，并现场斩杀之，他的党羽也已经尽数归案，弘治皇帝便放下心来，这才多久时间，怎么又有八百里急送奏章呈送，而且竟然有四份之多。

弘治皇帝心中虽然有所疑惑，但毕竟已经执政达三年之久，心中虽然惊讶不解，却锻炼的面不改色，伸手拿起牟斌的奏折仔细观看，面色也随着观看愈来愈吃惊，之后又拿起王鏊的奏折仔细观看一番，发现与牟斌上奏的大同小异，他这时才面露喜色，令秉笔太监萧敬使人去请内阁学士们，速来大殿有大事要做商议。