军政部门负责制定军事政策，部队的发展规划、教育训练、军官的考核提拔以及预备役的管理等等行政事务。而军令部门负责部队的作战编制、战备准备、作战调动等具体军事行动。

简单点说就是一个负责平时管理制定总体规划，而另一个则专门负责去打仗。军政部门可以由文职人员负责，而军令部门就由职业军人管理。

后世西方系统的国防基本上都是走的军令军政分离的套路，国防部长或者海军、陆军大臣负责军政，陆军、海军总参谋长负责军令部门，各司其职通力合作为国家元首负责。

这样的好处是显而易见的，但是对这个时代的俄国来说问题也是显而易见的，最简单的来说就是极大的削弱了陆军大臣和海军大臣的职权，现在的海陆军大臣是军政军令一肩挑，什么都管，而今后部队的指挥大权就跟他们无缘了，你说他们能高兴吗？