不过这原本是以征战为主的正规军，因利就便转为屯田。邓训、曹凤、上官鸿、侯霸、韩浩、马续等历任护羌校尉则均在屯田事务上颇费心力。

在羌人叛乱，护羌校尉可以根据战时的情况，启用本属于他统辖的将屯兵和义从胡进行平叛，必要时还可征用居延属国、张掖属国的羌胡骑兵，甚至本属于各郡太守直接辖制的边郡骑士。

护羌校尉营下直属的将屯兵近二千左右，湟中义从胡有二三千骑，总数达五千左右，这是基本构成。

战时征发属国的归义羌胡，兵力可达万骑再调动边郡太守所领军队各近万骑，另外还有屯田制度下的屯田卒，人数就可以达数万，这是护羌校尉在东汉能屡屡主持对羌作战的本钱。

不过在凉州长达百余年的动乱之中，有数次羌人动辄数十万饶大起义，这时护羌校尉便无能为力，汉朝廷就得专门派将发军动用驻三辅的雍营、长安营等将屯兵以及北军五校部分军队和从各地临时征调的军队来编组大军平叛了。