一个盛大的拍卖会，却被小丑捷足先登。

母盒被抢，蝙蝠侠开始加紧对小丑的追查。

与此同时，小丑拿到母盒之后，又陆续绑架了几位科学家对母盒进行研究，其中有位植物学家兼极端环保主义者，名叫帕米拉·艾斯利。

强大的母盒绝非渺小的人类能够轻易控制，一次实验事故中，妮可·基德曼扮演的帕米拉·艾斯利遭遇了与钢骨同等的境遇，进化为拥有控制植物超能力的毒藤女。被小丑洗脑的毒藤女继续为虎作伥，凭借自己的超能力，很快大致掌握了母盒的一些用途。

随后的一次实验中，通过母盒开启的时空缝隙，小丑轻松将一种可以让人疯狂的神经毒剂扩散到实验室所在的小镇，引发了一场如同末世危机般的大灾难。

毒藤女看到小镇居民的悲惨遭遇后，与小丑分道扬镳，很快遭遇了猫女。

西蒙在这段剧情中小小地CP了一把，当然，只是点到即止，九十年代的美国还普遍保守，无论是基情还是蕾丝都有些不合时宜，当然，心中有基的人肯定能一眼参悟其中精髓。

试验成功，小丑要利用母盒开启的无数时空缝隙，短时间内将自己的神经毒气扩散全世界，让所有人都成为‘小丑’。

蝙蝠侠倾尽全力，终究没能阻止小丑的发动，神经毒剂利用母盒不断开启的时空缝隙以哥谭市为中心向整个世界扩散。

关键时刻，弃暗投明的毒藤女研发出了神经毒剂的解药。

最好的方式当然是通过母盒的时空缝隙将解药扩散出去。

只可惜，相比准备充分的小丑，毒藤女研发出的解药分量却很少，不可能短时间内复制足够的解药。当局面几乎就要陷入死结时，毒藤女想到了另外一种方式，利用植物天然拥有的净化作用破解小丑的神经毒剂。

通过猫女的帮助，毒藤女在哥谭市的植物园找到了一种可以与神经毒剂解药完美结合并能够在短时间内进行快速净化的古老树藤，于是，在另外一边蝙蝠侠与小丑展开最后决战时，哥谭市也出现了一幅震撼人心的场景。

毒藤女以消耗自己的生命力为代价，催生出无数疯狂生长的藤蔓，同样以哥谭市为中心向四面八方快速扩散，并成功地对小丑释放的神经毒剂进行净化，曾经的钢铁丛林，很快变成了一座藤蔓丛生的绿色之城。

激烈的对战之后，蝙蝠侠成功制服了小丑，母盒开启的时空缝隙被关闭。

虽然付出了沉重的代价，哥谭市，以及整个世界，再次得到了拯救。

故事的最后，哥谭市重新恢复平静，拍卖会如期举行，布鲁斯·韦恩却在对母盒的拍卖中输给了一位来历不明的神秘女郎，最后的最后，布鲁斯·韦恩与那位自我介绍名叫戴安娜·普林斯的神秘女郎在某个咖啡厅里相对而坐，《蝙蝠侠：黑暗骑士》中的彩蛋场景重现。