遇对顾元泌及其手下不免特别关注。这一关注又发现了更大的问题：顾元泌的亲信马矮子居然盗取了城内的火药直接投给敌人！

这下证据确凿，顾元泌及其手下四十人当即被抓了起来。从他的寓所中还找到了六月初刚起兵时义军写给淮扬巡抚田仰的求援信，原来这封信被他扣下了，根本就没送出去！

陈明遇大怒，将顾元泌等人正法。

顾元泌死后，再也没有人阻挠阎应元出山了，陈明遇便派十六名勇士趁着夜色缒城而出，前往砂山迎请阎应元。

阎应元此时正在侍奉自己的母亲，十六人说明来意，阎应元没做任何深思熟虑，他袖子一挥，大声说道：“此事大丈夫不可推辞。”随后，他辞别老母，带着四十名家丁奔赴重围中的江阴城。

得知阎典史入城掌军，五百名祝塘等地乡兵纷纷赶来护送。阎应元进城后，城中军民兴奋不已。之后陈明遇主动让贤，阎应元正式出任守城主将。

阎应元思路清晰，一上任就干了几件大事：一是将前任兵备道徐世荫、曾化龙所储存的火药、火器全部收集起来，供守城用；二是召集城中富户，请他们出资助饷，而且特别说明不一定要金银，粮食、布帛、铁器等各种物件都可以；三是人口普查，统计城中现有多少户居民，详细注明年龄、性别，将其中所有年轻力壮的男人都组织起来；四是安排防务，他本人负责守北门，陈明遇守西门，武举人王公略守东门，把总汪某守南门，另外，他和陈明遇两人同时还要总督四门，昼夜巡视；五是四座城门用大木塞断，每个城垛安排三十人防御，分三班轮换，保证昼夜二十四小时都有十人值守。

在阎应元的主导下，城内的备战工作脱胎换骨，从之前的忙乱不堪变得有条不紊，战斗力得到质的提升。

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