望上疏明廷裁断旅顺信地应归属登莱，还是归属东江，兵部的意见是“旅顺应属登州必然之画也”，“今已设游击一员专守旅顺，当专属登抚节制，其分岛各官听登抚择人分布，咨题授职”，熹宗“是之”。（《明熹宗实录》卷58）

旅顺游击张攀为东江镇属官，奉朝命来旅顺任事，已经一月，毛文龙因“回文不及”，未知朝命，竟派遣张继善等四员将领前来驻防，并于五月十九日将所在兵民全部载回东江，旅顺之防遂空，此事毛文龙竟“前后并无知会文移”（《明熹宗实录》卷61）

对这种擅权的做法，武之望颇有怨言，因而上疏请专一事权，并惩处勾敌的曾有功。

六月，毛文龙上疏反驳，称“若张攀者，臣实幸其去。据其哆谈忠义，似可大用，然投之握算，不知纵横，恐力小任重，有负所知耳”，又袒护曾有功，称登莱官将“张盘、朱国昌虽死犹生，视之奸逃将竟席府库为己资，旋择膏腴为三窟，不啻天壤。使其窜伏内地，不生忌懻，不作风波，犹之可也，今且鸣张盖，含沙射人”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启五年六月初十日塘报》）

该年八月，又有换俘之事，武之望上疏言“查登镇素无解东夷语者，臣等不能辨其来历，据外议啧啧，犹有不敢尽言者”，言外之意，个中有不可告人的隐情。（《明熹宗实录》卷62）

九月，武之望上疏弹劾毛文龙“专制海外，糜饷饰功，擅权横恣”，请设重臣驻扎于石城岛、广鹿岛适中之地，节制两镇。”（《明熹宗实录》卷63）

毛文龙以饷银召买商货，超额近一倍，武之望不愿支给额外部分，毛文龙让武之望代请增饷，武之望又不许，因此，两人势同水火。

该年闰十一月，毛文龙上疏诬诋武之望，武之望愤而上疏奏辨，并求罢：“臣初抚登时期与文龙同心共济移书相劝勉，捐资相接济，乃数次文移，杳无一字相应也。既而捐米助张盘，以救水火之民，不惟不以为德，而且以为摇夺矣。曾有功勾虏陷张盘，臣查提以正奸之罪，不惟不以为罪，而且以为陈国才嫁祸诬害矣。

至七月中，忽移文相继而至。一则铁山失火实有其事，而移文于臣，却谓登官造谤，令臣戒谕之。一则赊欠商货，万口喧腾，而移文于臣，反谓登官挠阻，令臣究治之。一则朱家龙得罪该镇不知何故，乃差官相继锁拏，而又移文于臣，谓家龙以饷银二万余馈送登州士绅及各上司，令臣拘解过海究治之。而屡疏言旅顺事，其言揶榆诋诬，无所不至，臣虽不足惜，独不虑轻朝廷而辱节钺之体耶？”（《明熹宗实录》卷65）

明廷认为毛文龙为后金所忌必当容护，登莱巡抚又不可裁撤，于是决定将武之望升调，而“登抚员缺另行推补”。

这样，武之望与毛文龙的矛盾，就以武升调南京吏部右侍郎，毛继续任事而告终。

明廷自以为这是既重封疆又存纪纲的良法，殊不知这客观上助长了毛文龙的跋扈之势，正如山东巡抚右佥都御史吕纯如所担心的那样“登镇者以节制海帅，非受海帅节制者也。若以同事睚眦，遽撤之去，则目前之纪纲倒置，而日后之钤束更难矣”。（《明熹宗实录》卷66）

不受督抚节制，专擅跋扈，毛文龙的这个问题在天启年间是逐渐养成的。

武之望去职后，弹劾毛文龙“此其跋扈之势与古安史何异”，这个说法存在个人恩怨的成分，其实毛文龙的军阀跋扈之势完全显现是崇祯初，此时尚不是非常严重。

再谈毛文龙对军队的控制，主要指毛文龙在军队中培植亲信势力，力图将东江军打造成依附他个人的私人武装。

东江镇的武将集团可分为四部分。一是航海来援的南兵军官，即所谓南官，这部分军官不多，俸银极微，据毛文龙称“乃海外南官七年以来，未微半年之俸”，天启七年二月南兵军官才得以按辽官例支给俸粮。

二是投奔毛文龙的原任辽东都司卫所军官，数量不少，但是多无俸粮，据姜曰广、王梦尹称“三韩既陷，辽东各卫指挥、千、百户等官逃归内地者固多，而就便逃归东江者亦不少。除毛文龙已用者不计外，尚有二百六十余人。有未袭职者，有袭职而无俸粮者，无不愿食公家一日之俸而效一臂之力”，至天启六年九月才定给予俸粮。（《两朝从信录》卷31）

三是毛文龙提拔、便宜札授的辽兵军官。这部分授职的辽官与前述南官、原任辽官至天启七年开始给俸，定岁给俸银三万二千九百三十八两，崇祯初裁减至一万两。（毕自严《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）

四是由原广宁从征家丁及毛文龙子侄组成的骨干军官，这部分是东江镇武将集团的上层势力，盘占军中要职，与毛文龙关系最为亲密。如毛文龙从子毛承禄为东江镇副总兵，姻亲陈继盛为副总兵，张攀、张继善、王辅、尤景和、王承鸾、孔有德、耿仲明等人为广宁从征家丁，前后都累官至参将、游击而据守一方。