天启后期毛文龙的不法行为逐渐传闻于明廷，不过因为毛文龙贿赂权贵，勾结阉党，在朝廷有了靠山，因而毛文龙不仅得以压制反对的言论，而且屡受恩宠，请饷百万的诉求也得到熹宗的依允，可谓一时得意。

然而，熹宗的死、魏忠贤与阉党的倒台，宣示着朝廷政局的大变动。

崇祯成为新帝后，经过一段时间的筹备，开始大规模地惩治阉党，昭雪冤狱，起用正人，为魏忠贤和阉党搅得混浊不堪的朝廷终于气象一新了。

这是崇祯在政治上的维新之治。

面对着更加严峻的辽东形势，清除阉党在边镇的势力，釐革天启后期宦官典兵、冒赏滥萌等弊政，起用有威望、有才能的将帅督抚，这成为崇祯初维新之政的又一重要内容。

崇祯初言路大开，毛文龙作为名副其实的阉党，又有着诸多不法行为，没了阉党的庇护，“人始敢言东江”，成为舆论的攻击对象是很自然的事。

崇祯元年正月二十四日，原登莱巡抚武之望奏“岛帅欺罔尽露事”，奉圣旨

“毛文龙拥布海外，岁糜重饷，着即奋力恢辽，以慰东顾，余勿苟求，移师盖套，还宜商酌行，已有旨了”。（《圣朝新政要略》卷6）

武之望章奏不见史籍，但据同年三月毛文龙辨疏则称有“通奴”、“贪财”、“好色”数款，所谓通奴是指天启后期毛文龙与李永芳往来之事，贪财是指“侵帑金、钦赏入己”，好色是指毛文龙等东江将帅在军中多蓄妻妾。

应该说，武之望指毛文龙贪财、好色确是有据，但是诬其天启后期通敌则为过疑。

二月十九工科右给事中潘士闻弹劾毛文龙：

“职读春秋传，元帅三军司命，主将得人，则干城有寄。

故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池，而可以言智；奴来深匿穷岛，奴去仍言牵制，而可以言勇。

如毛文龙者，有谓各岛兵数自旅顺口及三山岛男妇二万，兵数仅三分之一；有当军六七年不见一文钱，更不知连年火药铳炮等物置之何地耶？

有谓往岁献俘，皆窃取各处援兵，以希重赏者；

有谓内监赍敕，稽查兵饷，犒赏五万，今文龙自知虚冒，转送内监，复以五六万金送内监，不点人马，差毛承录压送银鞘上舡，将舡底压破，令登兵下海榜取，不全，将登兵打死三人，淹死二十余人；

有谓文龙差徐虎臣领辽人千余，在鲜地采金，又差心腹张姓领辽人二千，在鲜地掘参，自铁山破，奴兵直入，此二项人尽被杀死者；

有谓文龙每年招降夷千人，俱改毛姓，养之内室，因铁山失陷，降夷欲内应，假以元宵赐酒，尽数杀之，假报新功者；

有谓文龙在海外，不问来历，但有渡海者每银十两，给引一张，即真奸细不问者；

有谓坑骗客商货本百万金，致含冤绝岛，不记其数，稍触其怨，捏作奸细，竟行杀戮者；

有谓见岛将做官日久，积有多金，寻事抄没，锢于太苍岛，仍将妻子给与人，若林茂春等可证者；

有谓文龙与四监结拜之后，对胡太监说‘人马散处在外，不便查点’，胡监笑云‘点甚么人马，只要替老祖爷做些功劳，多封几个侯伯，何愁富贵不久’。长挂一画像，头戴冕旒，身穿衮龙，手执圭，供一金字龙牌，写当今上公魏老爷，朝夕焚香礼拜者。

先是屡旨移镇概不敢命，可称跋扈。度其诡谋长技，不过以所糜军饷，辇金潜住长安，多方布置，为庇护地耳。

为今之计，姑赦其从前欺罔，令移镇要害近地，以功赎罪，可也。若犹然听其不移，毋论尾大不掉，漏巵无底，举朝之上，岂全无口耳鼻眼乎？况铁山已经失守，鲜地已失其半，如此伎俩，可称为长城耶？”（《圣朝新政要略》卷9）

《崇祯长编》卷6崇祯元年二月辛亥则载该疏之要“毛文龙岛兵不过二万，虚称十五万，贿通核馆内监，谄事忠贤，冒功糜饷，贪淫杀降，僭称钦旨，请令移镇要害近地，核其兵数，汰其冗员，下所司议”。

崇祯对潘士闻的奏疏，旨意是“毛文龙专阃海外，今已八载，粮饷器械转输不赀，近额皇赏辄开五十万，果有是实数否？这本说移镇要害近地，查兵稽将，及限兵数，尽汰冗员，省费课，实确然可行，余俱依拟”。

崇祯元年二月二十六日，奉御史范汝梓再纠毛文龙，奉圣旨“毛文龙受国厚恩，岁饷不赀，自当枕戈环甲，战奴西渡，或直揭其巢，或潜击其后，方成牵制。这兵额该部即着定其数，照数转饷，自崇祯元年为始，各捣屯以节制之兵兼议开屯，文龙仍往来料理，说得是。海外将领应听登抚统辖，方可约束该部，即酌议来说”。（《圣朝新政要略》卷9）

十月，南京陕西道御史陈必谦称“及举朝倚重毛文龙，时独公辅言其不足重轻，今其言卒验矣”。（《颂天胪笔》卷14起用《南京陕两