在与明廷关系严重恶化的情况下，生性躁急悖傲的毛文龙采取的不是妥协和衷的方法，而是依然我行我素，以强硬的姿态回击明廷，其桀骜不驯、盛气凌人、目无尊长的行为更加剧了崇祯对他的猜疑。

天启七年七月，毛文龙上疏愤诉不平五事：

“招抚辽民，挑其精壮入伍，老弱屯种，竟成一旅之师，以抗强敌，今使之食不充腹，衣不遮体，空拳赤足，冒死生于锋镝之下，较之内地逍遥自在，高坐糜饷者，其苦乐自分，不平一也。

宁远月饷一两五钱，内丁二两四钱，加以食米五斗，又叨皇上恩赏，不一而足。乃海外南官，七年以來，未徼半年之俸，数百万兵民取给于天津、登莱二十万之米，其中多有漂失而浥烂者，山东二十万两之银，复有侵克，手臂腹心虽肥瘠有分，皆是血肉，何独于关上加厚，而海膜视乎？不平二也。

旅顺、石城一带，为津、登门户，设将严防，尚有前车之覆。都司徐敷奏煽惑军心，旅顺参将李鑛烧粮投械，夺船以逃。继而石城岛游击高万重、都司高应诏、宽奠营游击郑继魁与弟继武等，亦遁，不夺其魄而且复其官，纪律之谓何？不平三也。

臣孤忠自许，可对君父而质鬼神，乃有谓臣为安史者，臣生虽受之，死岂瞑目？不平四也。

今春攻铁山而至云从，以死守死战立功，自幸可收桑榆之效，乃又谓臣退居云从，不用一矢相加遗，此何说乎？不平五也。”（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年七月初十日具奏》）

东江海运接济之艰难、兵士待遇之不公平确是如此，武之望指毛为安史确属过分，丁卯之役毛文龙并非毫无抗金之举，逃将西奔是有该处分地，毛文龙所说的不平是有一定道理的。

但是诬陷徐敷奏、掩盖铁山须弥之失和自己的虚兵冒饷，毛文龙的说法也很有问题。

此奏出于七月初十日，明廷接奏奉旨之时正是九月初六日。

崇祯刚登基就看到这样充满谩骂语气的章奏，其心情可想而知（毕竟不是每个皇帝都有明熹宗的好脾气），但是碍于当时形势，崇祯只能用温旨答覆毛文龙：“文龙远戍孤悬，倍尝艰苦，屡建捷效，心迹自明，东顾方殷，岂得乞身求代？还宜益奋义勇，多方牵制，以纡朕怀”。

一月，毛文龙又上疏向朝廷桀骜索饷：

“向使朝廷早能信臣，粮饷器械一如关宁之凑手，奴早灭，辽早复矣。奈何疑信相参，忌谤叠出，屡加温旨，屡畀事权，一似尝试羁縻为事。

吃紧莫如粮饷，终吝慨发，是以臣之牵制奴者牵制臣，封疆之重，几何而不以岁月迁延误耶！

今年内臣出镇，乃始允百万额饷之请，然必洗刷常套，方克有济……百万之饷，必须一顿给臣，即乘一餐之饱，尽一时之力，自可成功。若零星，若转折，若不及时，局散功隳，一口担当，臣固不能自必矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年十一初十日具奏》）

崇祯的旨意是“该镇劳苦海外，朕甚念之，今内地粮饷俱已陆续发解，况海天寥阔，岂易一顿而止？但当严禁运官侵渔，务令饥军果腹，至于兵额几何，月饷几何，该镇还具数开报，以待进取”（《崇祯长编》卷7）

在朝廷参劾声不断的情形下，崇祯元年五月，毛文龙请诣阙直剖心迹：

“臣势处孤危，动遭掣肘，功未见其尺寸，怨己深于寻丈，而皇上知之否？

中外臣工于兵家奇正之法、彝地山川之形，或未深知，故人持一论，终非煞着。惟臣居辽日久，探讨独到，无奈地隔天寥，笔难代舌，而皇上知之否？

属国残破之余，缓急无望，一应接济，合于夏秋两季，及时顿给，以便转运，其间裒益调剂，厥有权宜，而上知之否？”

据《崇祯长编》称“其他语多桀骜”，对于如此毛文龙，崇祯只能又是温旨“毛文龙本以义勇简任，东江数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩？报闻”。（《崇祯长编》卷9）

毛文龙这种毫无人臣之礼的行为在当时域内域外都深感担忧。朝廷“诸文臣视东江为赘旈”，崇祯的担忧也不减于群臣，据袁崇焕称，“皇上之忧毛帅久矣”。

崇祯元年召对时，崇祯曾“历数东江拒命”，又曾多次召问阁部密谈东江事。

据《东林列传》卷17《韩爌传》记载“二年正月，上以边警，召爌及吏部尚书王永光入对平台。时廷臣颇忧毛文龙跋扈，袁崇焕锐欲除之。上因与爌等造膝密语，左右莫得而闻也”。

又据《公槐集》卷3《讲帷记注》记载，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。

兵部尚书王洽与辅臣钱龙锡因而就毛文龙事修书“往复商榷”于督师袁崇焕。

《朝鲜李朝仁祖实录》卷17仁祖五年十一月辛已载，“且问于张大秋，则皇上崩逝的报已至云，而都督