毛文龙在东江的胡作非为早已激起中外义愤，有识者都预感他如此怙恶不逡，必定没有好下场。

如朝鲜人李景稷因为毛文龙屡屡欺罔朝廷，“常言毛必不得其死”。

毛文龙帐下中军陈继盛每每劝谏毛文龙的不法行为，每每感慨道：“总爷左右之人，多行不义，为总爷之累，诚可痛心”。（《续杂录》）

崇祯初弹章累累，却始终无法动摇毛文龙，这主要是因为毛文龙“握重兵居海岛中，莫能制也”。

由于明廷的势力根本无法深入东江镇，面对着国家安全潜在的威胁，明廷君臣无不深以为忧，却一时奈何毛文龙不得，所以明廷始终抱以忍耐、包容而又略带责求的态度，想要逐渐地控驭这不受节制的海外军镇。

崇祯元年四月，崇祯诏旨起用袁崇焕为蓟辽督师。

崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，当时“朝议忧毛文龙难驭”（《崇祯实录》卷1）

辅臣九卿科道无不以为虑，袁崇焕说“徐图之”。

平台召对，袁崇焕提出五年复辽的构想，内阁辅臣钱龙锡亲自来到袁崇焕寓所洽谈方略。

钱龙锡问：“子方略宜何如”。

袁崇焕答：“不外东江、宁两路进兵尔”。

钱龙锡又问：“舍宁实地而问海道，何也？”

袁崇焕对曰：“譬如弈然，局有四子，东江其一也。可，则用之；不可，则有以处之”。（《曝书亭集》卷64）

谈及如何处置毛文龙，“屏去左右，低徊再四”

袁崇焕说“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也”。（《蓟辽督师袁崇焕题本》）

可以说，入军斩帅的计谋己经在袁崇焕心中形成。

袁崇焕出关后，致力于大规模地清理整顿关宁兵马，实现他对崇祯缩兵就饷的承诺，并无暇整治毛文龙。

他把清核东江军饷的重任暂且放由兵、户部和登莱抚院去处置。

九月，登莱巡抚孙国桢因包庇毛文龙擅自拥兵入登莱事，被言官劾罢，袁崇焕疏请停推登莱巡抚，登莱军镇改为协镇，以为东江应援，这是袁崇焕统一陆地战场和海上战场事权的开端。

到崇祯元年底，关宁兵马基本清理完成，他开始将整治东江镇的计划付诸实施，用斩帅后他的话说“自去年十二月臣计已定，文龙有死无生矣”。

崇祯元年十二月底，袁崇焕上东江策画一疏，请改东江运道从山海关起运，在觉华岛换舟运，海船需经督师衙门挂号方许出海，严登莱海禁，并置东江饷司以核查钱粮：

“东江所以设镇者，为奴贼也，辽土也。为文龙者，宜日远登，日近宁，两军及蚤相见，则牵制而犄角俱成。

以臣愚见，不若仍登莱之海禁，令登协严查，而东江钱粮器用俱从关门起运，至觉华岛登舟。臣岂不知登莱近于觉华，然臣不日复右屯，将渐以东。

今水兵口面，络择海面，直顶及旅顺，以尽舟师之用，文龙何不就辽岸为基，镇江一带尽可生活，老营既定，舟师挨次，而前与觉华之舟师接信，则辽地未复，而辽海全通，樯帆如织，夷必骇目惊心，即未必全神以注宁，得不分力而防，牵制情形，离此便假。

一镇之钱粮，向听文龙自便，而不设文官稽査，非祖制文职钱粮、武职兵马之意。他日销算时，甚为镇臣不便。仍为东江设一饷司，每岁数十万之出入，不少，俟东平，另议存撤，即运粮料俱由静海、滦乐以及觉华，必经臣衙门挂号，始许往东。

自兹一禁，不许一船私自往来，即往东官船，不许泊近南岸，登莱自协营水兵之外，不许一舟出海，违者不拘官船、民船，俱以贼论。

如此，海之北虽兵戈未偃，而南岸已觉其肃清，东江之师昔无用而今有用，昔远用而今近用，昔虚用而今实用，昔为关宁作牵制，今则与关宁合力，于是海若不惊，而东人休息，大功以成，一举而诸利备。

臣葛荛之忠，未卜有当于大计否？伏乞睿览，敕下该部议覆。

如果臣言不谬，申严海禁，为东江置一饷司，以便稽查转运，可咛毛文龙来与臣酌定官职、兵马、钱粮及进取事宜，臣俱未敢擅便”。（《度支奏议》新饷司卷4《题覆东江改运道设饷司疏》）

崇祯的旨意是“毛文龙孤军海外，向苦接济不前，卿既悉心筹画，励志灭奴，从此料理步步向东，文龙照应步步向西，进取方规，面加商议，果确有胜着，朕何靳百万之饷。文龙但矢图实效，勿顾浮言。

卿亦宜推诚共济，务收成绩。登莱申严海禁及设饷司转运，该部速行酌妥具覆”。

兵部题覆海禁事，奉圣旨“着山东抚臣行登莱道臣严加禁约，除旧日开洋者验明放回，以后一切市贩船只不许私通，违者按法治罪”。

改运道之事，户部咨山东抚院、天津部院后题覆“合如督师议将津运粮料俱由静海、滦乐以及觉华，