毛文龙案之所以会反复还在于一个很有问题的观点，那就是认为袁崇焕斩帅造成了东江的无主状态，之后相继发生内乱，最后孔有德、耿仲明、尚可喜陆续降清，为侵明效力；而且毛文龙能牵制后金不能西向，斩帅使后金从此得以毫无顾忌地长驱深入，己巳之变便是明证。

建立在这两个论据的基础上，自然会得出袁崇焕斩帅不利于辽东战局的结论。

这两个责难是江浙文人理直气壮袒护毛文龙的依据，同时也是后人质疑斩帅的立足点。

直至今仍有不少人称袁崇焕斩帅“不仅大大削弱了抗敌力量，而且对辽东战局乃至对他本人都产生了极为不利的影响”，主要表现在“文龙死后，皮岛无主，各支队伍互相攻杀，己不能对后金起牵制作用”，“东江内乱，后金彻底解除了后顾之忧，便集中精力对付宁锦一线”。

这种观点是值得商榷的。

前文提到，斩帅之后，袁崇焕重用刘兴祚兄弟，让其掌管东江军镇的大权，镇中精锐皆由其掌握。

当时军镇中有两种势力，一种是毛文龙旧部，一种是刘兴祚兄弟，他们之间既有合作也有矛盾，袁崇焕一方面两种势力参用，另一方面又借刘氏兄弟压制毛文龙旧部。

斩帅后，袁崇焕没有在镇中设帅，名义上以毛文龙旧部副总兵陈继盛署总兵事，但是事实上握有镇中大权的是刘兴祚。

所以，所谓毛文龙死后东江无主的说法是不成立的。

东江内乱的导火索是刘兴祚的战死。

崇祯三年正月，率兵入援的刘兴作战死于永平，而其弟刘兴贤被后金俘虏。

皇太极借机让刘兴贤修书招降居守皮岛的刘兴治、刘兴基、刘兴沛等族兄弟。

四月，署岛事副总兵陈继盛密报孙承宗说，“兴祚未死从贼，兴贤自奴中有书招兴治等，且兴治所领皆夷丁，大有可虑”。

当时刘兴祚光荣殉国未得恤典，而道路流传明廷将借调兵之名杀刘氏兄弟，这让刘兴治等人极为愤恨。

当孙承宗调兵檄文至，刘兴治等信以为真，遂设计捕杀陈继盛及孙承宗所派调兵官员，控制了岛上的精甲利兵，拘禁官商船只，并航海至长山岛纵兵杀掠。

消息传至明廷，“举朝大骇”。

以此来看，刘兴治兵变的原因有：“东江镇权力之争的结果”、“明朝某些官对刘兴治归明表示怀疑，不信任所致”、“皇太极对东江镇将领的招降在刘兴治兵变时也的确起过作用”；己巳之变的发生，袁崇焕的下狱，岛中辽人“对明朝复辽的失望情绪”，也不无影响。

其实，刘兴治兵变主要是三个原因：

其一，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾发展，所谓刘兴治与陈继盛“不相能”；

其二，袁崇焕的下狱、刘兴祚的战死使东江镇无主，失去了制衡争斗的权力中心，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾逐渐激化；

其三，后金招降刘氏兄弟，陈继盛密告，导致兵变的结果。

刘兴治设计发动兵变依赖的是岛中归降后金平民组建的军队，即平夷营的夷丁，共有千余名，虽有较强的战斗力，但是与岛中汉兵存在矛盾，据毛文龙塘报崇祯二年二月就曾发生作乱之事。

这部分军队是崇祯初毛文龙所收编，聚集在皮岛上，后刘兴祚投岛，毛文龙遂令刘兴祚统领，斩帅后由刘兴治继承。

早在崇祯初，陈继盛就鉴于夷丁聚集必有后患，“力劝分置诸岛”，但是毛文龙“不听”。

所以当时就有人认为，刘兴治兵变毛文龙有责任。

据《朝鲜李朝仁祖实录》卷22仁祖八年四月乙亥载，陈继盛部下夏云蒸当时出陆办事，闻岛中兵变，哭泣着对朝鲜平安监司金时让说“降鞑，非我族类，而文龙不即翦除，致有此变，其罪可言？”

毛文龙的措置诚然是为兵变留下了隐患，但是袁崇焕的善后不周也负有一定责任。

朝议派副总兵周文郁前往皮岛抚谕刘兴治。

刘兴治一面听抚，上疏揭认罪，表示愿意杀敌自赎，另一面却策谋叛归皇太极，以为后路。

明廷派毛文龙旧部黄龙为总兵官，前来掌管皮岛。

崇祯四年三月，刘兴治遂起兵反叛，乱杖其弟刘兴基并杀参将沈世魁家众，“岛众不从，纵降鞑屠杀。招入南商五十余人，没数妝杀，夺其货物”。

游击张焘、沈世魁等合谋，乘夜突入衙门，纵火鼓噪，“汉人杀降鞑及其妻子儿童，口有孑遗，兴治兄弟及腹心之人，尽数斩杀，降鞑之死，不计其数”。

经由刘兴治之变，岛中兵将被“屠杀一番”，势力更加衰弱，所谓“东江自毛文龙被杀，兵力弱，势孤”。（《明史》卷277）

袁崇焕斩杀毛文龙虽是为国除患，但是不可避免地造成了毛文龙旧部的离心，所谓“岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后至有叛去者”。